Las esponjas son consideradas habitualmente los animales vivos más antiguos, habiendo aparecido en la historia evolutiva antes que cualquier otro grupo. La simplicidad de la estructura de su cuerpo y de la organización de sus tejidos ha parecido avalar durante muchos años su condición de grupo ancestral de animales, y han sido señalados desde hace tiempo como la mejor ilustración del aspecto que habrían tenido los animales más primitivos.
Esto ha sido apoyado en estudios previos por análisis genéticos, que sugieren que las esponjas se ramificaron a partir de otros animales hace mucho tiempo, en el lejano Precámbrico. Hasta hace poco, la mayoría de los zoólogos creían que las esponjas eran poco más avanzadas que un protista colonial, con tejidos y órganos nunca totalmente desarrollados.
Sin embargo, en años recientes ha aumentado el reconocimiento científico de la complejidad de la genética y la bioquímica de las esponjas, y esto ha proyectado dudas sobre la impresión de simplicidad. Ahora, nuevas pruebas procedentes del registro fósil confirman que las primeras esponjas eran, en algunos aspectos, más complejas que sus descendientes vivos, lo que plantea numerosos interrogantes y aumenta el misterio sobre su origen.
Si las esponjas tenían originalmente una simetría tetrarradial, entonces ello mostraría que estaban demasiado organizadas como para haber evolucionado directamente a partir de protistas coloniales. La simetría sugiere también una relación directa con uno de los otros grupos primitivos de animales, los Cnidarios (animales del filo Cnidaria, entre los que figuran corales y medusas). Estos son el único otro grupo de animales que incluye una configuración corporal tetrarradial. Más importante aún, esta complejidad inesperada de las primeras esponjas significa que ya no tenemos una idea clara del aspecto que tenía el último antepasado común de los animales, pues pudo no parecerse en nada a una esponja.
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